前列腺结核的治疗和全身结核病的治疗方式相同，必须包括全身治疗和抗痨药物治疗。阴茎结核用抗痨药物治疗有较好的成果。治疗方式与肾结核的治疗相同，采用以异烟肼、链霉素、利福平等为主的两种或三种药物联合应用。一般经验认为，治疗疗程为6～12个月。
治愈的标准是尿液或前列腺液结核菌涂片和培养均为阴性，泌尿生殖系统结核症状及体征全部消失。
1、一般治疗：包括休息、适当营养、避免劳累等。
2、药物治疗：前列腺结核药物治疗成果较好。用药时间6个月，也可按前列腺液、精液结核杆菌培养结果来帮助估计用药期限。目前治疗方案可参考抗痨协会推选的短程化疗。治愈标准是前列腺液结核杆菌培养阴性，临床症状与体征消失。
3、手术治疗：前列腺结核一般不主张作前列腺切除术，因为现代抗痨药物治疗大多能克制病变，并且这类手术需将前列腺连同附睾、输精管、精囊等一并切除，手术范围大，有一定危险，甚至术后会诱发结核性会阴尿道瘘，伤口不愈合。只有当前列腺结核加重、广泛空洞形成、干酪样变性或形成尿路梗阻，用一般药物治疗不能缓解时，或者前列腺结核寒性脓肿已诱发尿道、会阴部赛道时，可思考作前列腺切除术。
前列腺结核伴有附睾结核的病例，要是药物治疗无效，可思考作附睾切除术，对前列腺结核的治疗也有好处，附睾切除后，前列腺结核多可逐渐愈合。
